Hidrografía
La entidad participa de las dos grandes regiones hidrológicas nacionales: el Lerma – Santiago y el Pánuco. La región Lerma – Santiago está integrada por las cuencas Lerma – Toluca y La Laja; en tanto que la región Pánuco se compone por las cuencas: Tamuín y Moctezuma. (6) "En su región Occidental, por medio de los ríos Querétaro y del Pueblito, acopia las aguas de varios afluentes a partir del volcán Zamorano en Colón, señalándose como parte opuesta a la loma de Calamanda en Pedro Escobedo, para verter al río La Laja. Esta cuenca cubre una superficie de 2 800 km² en el estado y su desplazamiento medio anual es de 40 millones de metros cúbicos en la actualidad.
"El río Lerma capta también las corrientes en el Sur de los municipios de Amealco y Huimilpan, en una superficie de 117 Km2, con un desplazamiento medio anual de 9 millones de metros cúbicos; conformando con el anterior sistema el total del caudal que se aporta a la vertiente del Pacífico.
"El río Santa María penetra al estado por el municipio de Arroyo Seco; sirviendo de límite Norte con el Estado de San Luis Potosí y abandona la entidad por su límite Nororiental. Su cuenca ocupa una superficie de 1 905 Km2 y aporta 257 millones de metros cúbicos de desplazamiento medio anual.
"El río Moctezuma constituye el límite político con el estado de Hidalgo y tiene como afluente principal el río Extoraz desde el interior del estado. Esta cuenca ocupa 4 400 km² y aporta un desplazamiento promedio de 444 millones de metros cúbicos al año.
"El río San Juan que atraviesa los municipios de San Juan del Río y Tequisquiapan hasta su unión con el río Tula, forman el río Moctezuma. Tiene una cuenca de 2 840 km² en la entidad y un desplazamiento promedio de 184 millones de metros cúbicos al año." (7)
Los principales cuerpos de agua de que dispone el estado de Querétaro, son los siguientes:
Tabla: Cuerpos de agua en el estado de Querétaro. (8)
| Nombre | Ubicación | Capacidad de almacenamiento en millones de m3 |
| Región Hidrológica No. 12 Lerma – Santiago | ||
| Presa Santa Catarina | Querétaro | 8.84 |
| Presa El Batán | Corregidora | 6.50 |
| Ceja de Bravo | Huimilpan | 6.00 |
| Presa San Pedro Huimilpan | Huimilpan | 5.00 |
| Presa El Carmen | El Marqués | 4.00 |
| El Zorrillo | Huimilpan | 3.00 |
| San Rafael | Corregidora | 3.00 |
| Región Hidrológica No. 26 Pánuco | ||
| Presa Constitución de 1917 | San Juan del Río | 65.00 |
| Presa San Ildefonso | Amealco de Bonfil | 52.70 |
| Presa Centenario | Tequisquiapan | 10.15 |
| Presa La Llave (El Divino Redentor) | San Juan del Río | 9.30 |
| Presa Jalpan | Jalpan de Serra | 8.00 |
| Presa La Soledad | Colón | 7.40 |
| Colón | Colón | 4.80 |
| Presa El Capulín (S.P.T) | Amealco de Bonfil | 3.80 |
| Paso de Tablas | Tequisquiapan | 3.00 |
Principales corrientes de aguas superficiales en el Estado de Querétaro
En la entidad la red hidrográfica está conformada, en la cuenca del río Lerma, por los ríos Pueblito y Querétaro y en la cuenca del Pánuco por los ríos San Juan, Tolimán y Extoraz aportadores del río Moctezuma.
Los ríos Ayutla y Jalpan son afluentes del río Santa María y se encuentran al norte del estado en la región de la Sierra Gorda Queretana, en ellos concentra la mayor disponibilidad de agua superficial.
Actualmente, en las dos cuencas que abarcan el Estado, solamente se aprovecha, 1Mm3 anuales para abastecimiento público urbano.
